Los orígenes del barrio Las Peñas se remontan a mediados del siglo XVII, cuando se empezaron a levantar casas hacia el río, en las faldas del cerro Santa Ana. En el siglo XVIII era uno de los sectores o barrios en los que estaba dividida la ciudad, junto con la Ciudad Nueva, la Ciudad Vieja, el barrio del Puente, el barrio Bajo, el barrio del Astillero, el barrio Nuevo, entre otros. Ya en el siglo XIX, el plano de 1858 trazado por Manuel Villavicencio lo identifica como una sucesión de casas a lo largo de una única calle que se prolongaba desde la Planchada hacia el norte -dentro de la Ciudad Vieja-, en la parte baja del cerro Santa Ana, junto al río Guayas.

El Gran Incendio de octubre de 1896, que destruyó gran parte de la ciudad, desde la calle Aguirre hacia el norte, arrasó con el barrio en su totalidad. Sin embargo, este fue reconstruido conservando su trazado y sus características arquitectónicas de casas de madera y quincha, con la distribución espacial de las casas coloniales sin soportal, que se desarrollan alrededor de un patio central, con galerías hacia el exterior y enrejados con hierro forjado.

Este barrio ha sido lugar de hechos históricos de relevancia para Guayaquil y el país. En él han nacido o han vivido personalidades como los expresidentes Francisco Robles, José Luis Tamayo, Carlos Julio Arosemena Tola, Alfredo Baquerizo Moreno, Carlos Arroyo del Río, Juan de Dios Martínez Mera; artistas como el coreógrafo de fama mundial Frederick Ashton o el pintor Manuel Rendón Seminario; escritores como Enrique Gil Gilbert, Ernest Hemingway -quien pernoctó en el barrio-; y visitantes ilustres como Pablo Neruda, Gabriela Mistral o Ernesto ‘Che’ Guevara.

El 24 de julio de 1973 fue declarado Monumento Histórico de la Ciudad y en 1982 Patrimonio Arquitectónico del Ecuador.

Tal como lo establecen las normativas locales e internacionales la declaratoria patrimonial abarca “...su entorno ambiental y paisajístico necesario para proporcionarle una visibilidad adecuada”, por lo que su conservación y el respeto de sus sectores aledaños es de obligatorio cumplimiento.