Históricamente en Guayaquil se pueden destacar algunos brotes epidémicos que azotaron a su población y provocaron la muerte de gran número de personas. Entre las más importantes: la gripe, el paludismo, la fiebre amarilla, la leptospirosis, la peste bubónica, sarampión, viruela y cólera.

Se considera que la gripe, que llegó en el segundo viaje de Colón fue la primera enfermedad que originó una epidemia en el territorio americano. En la época colonial el paludismo, conocido como “fiebres tercianas”, se presentaba de cada año como una enfermedad estacional con la llegada del período de lluvias. La enfermedad era atribuida a “malos hálitos” o “miasmas”. No fue sino hasta la generalización del uso de la quina, hacia mediados del siglo XVII, cuando se empieza a reducir su morbilidad. Se tiene también registro de epidemias de Fiebre Amarilla que se presentaron en Guayaquil en los años 1740, 1842, 1867, 1880 y 1918.

La leptospirosis, endémica en el Ecuador, se presentó con carácter epidémico como consecuencia del Fenómeno de El Niño del año 1998. La peste bubónica llegó a Guayaquil desde el sur del continente y se presentó en 1907, 1913, 1918 y la última de 1930, cuando fue erradicada. Se presentaron epidemias de sarampión en 1786 y 1888. La viruela arribó procedente de África, en diciembre de 1518. El peor caso de viruela registrado en Guayaquil fue el de 1589, ya que acabó con la vida de las tres cuartas partes de la población, además de la epidemia que asoló al país en 1785. En 1991 se presentó una epidemia de cólera y hubo un reaparecimiento de la enfermedad en el Ecuador en 1998, como consecuencia de las inundaciones originadas por el fenómeno de El Niño.

Otras enfermedades frecuentes hasta finales del siglo XIX fueron la difteria (1649) y el Tifus exantemático, además de las pestes en general no identificadas (1653, 1667, 1670, 1708, 1749, 1776 y 1825), entre las que se incluían la rubeola, escarlatina, cuarta enfermedad, tosferina, difteria, las disenterías, el Carbunco y el Tétanos. Además de la pandemia de gripe española de 1918.