Después de su reasentamiento definitivo en 1547, Guayaquil pasó a formar parte del Obispado de Quito, establecido en 1545 por el papa Paulo III. Al poco tiempo ya estaban establecidas tres congregaciones religiosas: los dominicos, los agustinos y los franciscanos, cada una con su iglesia y su convento. En 1693, con la conformación de la Ciudad Nueva, se decidió el traslado de la Iglesia Matriz, por lo que la antigua iglesia, ubicada en la Ciudad Vieja, pasó a convertirse en viceparroquia.

Para ese momento, Guayaquil tenía cinco iglesias, dos en la Ciudad Vieja: Santo Domingo y La Concepción, y tres en la Ciudad Nueva: la Iglesia Matriz, San Agustín y San Francisco, a las que en el siglo XVIII se sumaron las de los mercedarios, llegados en 1785, y la de los jesuitas, a finales del siglo XVII.

En 1773, el rey Carlos III creó una nueva sede del obispado en Cuenca, en la que se incluyó el Corregimiento de Loja y la Gobernación de Guayaquil. Esta permaneció así hasta 1838, cuando el presidente Vicente Rocafuerte creó la Diócesis de Guayaquil, convirtiendo a la Iglesia Matriz en Catedral. Esta, junto con las diócesis de Quito y Cuenca pasaron a formar parte de la Arquidiócesis de Lima hasta 1849, cuando el papa Pío IX creó la Arquidiócesis de Quito, a la que se integró la Diócesis de Guayaquil. En 1956, el papa Pío XII creó la Arquidiócesis de Guayaquil, con su Catedral Metropolitana.

Luego de los incendios de 1896 y 1902 hubo la necesidad de reconstruir muchas edificaciones que habían quedado destruidas. Adicionalmente, la incorporación del hormigón armado alentó el cambio al considerar que protegía de mejor manera a los edificios contra los desastres naturales. Esto se hizo conjugando las nuevas propuestas con referencia al esplendor de las iglesias del pasado, principalmente el neogótico. Entre las nuevas edificaciones religiosas de inicios del siglo XX están la Catedral Metropolitana, Santo Domingo, San Agustín, San Francisco, San José, Sagrado Corazón de Jesús, Nuestra Señora del Carmen (La Victoria), Basílica Menor de Nuestra Señora de La Merced y María Auxiliadora.