La Costa, en particular la parte media y baja de la cuenca del Guayas, como casi todos los años se encuentra bajo agua durante el periodo de lluvias, pese a que su intensidad están dentro del promedio, según el Inamhi. Destacan las inundaciones en la ciudad de Milagro y alrededores, que se encuentra en el ombligo de la cuenca del Guayas. La ex-Cedege, encargada de la planificación hidráulica de dicha cuenca, desde fines del siglo pasado identificó problemas hidráulico-fluviales en la cuenca del río Milagro, que atraviesa la ciudad y provoca año a año inundaciones cuya severidad depende de las condiciones climatológicas del periodo de lluvias. El sector está prácticamente en una poza donde confluyen los flujos del río Milagro y otros, lo que se suma a la lluvia que cae, provocando graves inundaciones incluso en periodos de lluvia normales, lo que se agrava con el crecimiento de la ciudad. En 2002 la Alcaldía junto con la ex-Cedege consiguieron que se realice el estudio de prefactibilidad del Proyecto Integral de Control de Inundaciones de Milagro y que el Gobierno central, en enero de 2003 se pronuncie favorablemente sobre el desarrollo de los estudios de factibilidad y diseño definitivo. En 2004 se instaló una estación de bombeo para resolver en parte el drenaje interno de la ciudad. En 2005, con el aporte del Gobierno de Israel, se elaboraron los estudios de prediseño del proyecto, sustento para que el Gobierno de Ecuador solicite formalmente al de Israel el financiamiento, lo cual no ha ocurrido. Tampoco ha existido decisión política para conseguir otro financiamiento, postergando la solución al problema de un importante sector productivo y comercial. Entre 2008 y 2009 el proyecto fue postergado. El Gobierno de entonces creó la Secretaría Nacional del Agua, Senagua, que no ata ni desata, y se estableció el Estatuto orgánico por procesos para la organización y funcionamiento de organismos desconcentrados de gestión de los recursos hídricos por demarcación hidrográfica o cuenca, que ejercían corporaciones de Desarrollo Regional, Cedege, en la cuenca del Guayas y Península de Santa Elena. El Proyecto Control de Inundaciones de Milagro ha sido víctima de la vigente política gubernamental y no ha existido gestión de las fuerzas vivas de la región, ni de los asambleístas y autoridades de las poblaciones afectadas para lograr el financiamiento del proyecto. Mientras eso no ocurra, la ciudad seguirá condenada a estar bajo agua cuatro meses al año y más durante el fenómeno de El Niño.

 Jacinto Rivero Solórzano