Los recuerdos de la última vez de Emelec en la Copa Sudamericana son agridulces. Lo positivo fue que allí fue donde reinauguró su escenario deportivo que había estado cerrado por por más de un año. Lo negativo fue que se tuvo que despedir del torneo en la segunda fase contra un equipo, que a priori, no parecía ser una gran amenaza: el Deportivo La Guaria de Venezuela.

En esa temporada, el Bombillo se topó en primera ronda contra Universitario de Perú y lo eliminó con un contundente 6-1 en el global. Sin embargo, iba a cruzarse con el club venezolano que terminó siendo un gran dolor de cabeza. En la ida cayó 4-2 y en la vuelta no pudo reaperturar el Capwell con goles. El 0-0 dejó al equipo, entonces dirigido por Alfredo Arias, fuera del certamen.

El equipo eléctrico ha estado en este torneo en ocho oportunidades. En 2009 comenzó su camino por este certamen y alcanzó a estar hasta octavos, al ser eliminado por el Botafogo de Brasil por un 3-2 en el global.

En el 2010 también tuvo que retirarse a manos de otro brasileño, esta vez contra el Avai, asimismo, en octavos de final. La campaña siguiente, Olimpia iba a ser el verdugo de los eléctricos, y en la Segunda Fase del torneo envió a casa a los azules.

En 2012, los azules se enfrentaron a la Universidad de Chile, que llegaba como vigente campeón, y estos hicieron respetar su valía eliminado a los eléctricos en los octavos de final. En 2013 se iba a topar con otro chileno, esta vez contra la Universidad Católica. Su participación acabó en segunda fase. Pero en 2014 los millonarios firmaron su mejor participación en la historia de este torneo. Alcanzó los cuartos de final, pero tuvo que irse eliminado contra el Sao Paulo de Kaká y Rogerio Ceni. 

En 2015 los eléctricos alcanzaron los octavos de final y se despidieron a manos de los colombianos, Independiente Santa Fe, que luego terminaría siendo el campeón del torneo. Ese año el goleador del certamen fue Miler Bolaños, con cinco conquistas.