El 14 de septiembre de 2022, el asambleísta de Unión por la Esperanza (UNES), Fernando Cedeño, acudió a la Fiscalía General del Estado para presentar una denuncia en contra del presidente de la mesa de Fiscalización, Fernando Villavicencio, por el presunto delito de tráfico de influencias. Según Cedeño, el legislador cobraba para beneficiar a empresas en procesos de contratación pública para la adquisición de fármacos e insumos médicos.

"(La denuncia) nace en función de una filtración de documentos del Centro de Inteligencia Estratégica (CIES) y subida por el portal Venezolano News", indicó Cedeño e indicó que, en esa documentación, se señala un entramado de corrupción que "involucra a familiares de Villavicencio". Además, explicó que la vinculación de Villavicencio con esta filtración de información está en que "él cobraba para que estas empresas ganen, eran falsas pujas. Se terminaban haciendo el juego entre ellas".

También indicó que los gerentes y trabajadores de estas empresas participaron como analistas o fueron candidatos de la alianza entre el Partido Socialista Ecuatoriano y el Movimiento Concertación (17-51) que sirvió de plataforma para que Villavicencio llegue a la Asamblea Nacional como legislador independiente en 2021. Cedeño, además, señaló la necesidad de investigar a los familiares del presidente de la Comisión porque "esos dineros (presuntamente recibidos por el tráfico de influencias) eran depositados en sus cuentas".

Afirmación que, según Cedeño, amplía la configuración de delitos a testaferrismo, asociación ilícita y defraudación tributaria porque "hay dinero no declarado" por parte de Fernando Villavicencio. Asimismo, la asambleísta de UNES, Pamela Aguirre, ratificó que el la denuncia "se basa en un caso hecho por la inteligencia del Gobierno" que se filtró y fue publicada por el portal Venezolano News. También indicó que el tema es de bancada y que "lo único que han hecho es presentar la respectiva denuncia para que se investigue".

El 8 de septiembre de 2022, Villavicencio fue objeto de otra denuncia, en esa ocasión, por parte del también legislador de UNES, Ronny Aleaga. Según explicó el asambleísta, las acusaciones del presidente de la mesa legislativa de Fiscalización han vulnerado su derecho a la honra y por ello lo denunció por los delitos de odio y calumnia.