Eloy Alfaro había empezado a gobernar en Quito desde el 4 de septiembre de 1895, cuando entró en ella; esa entrada de él y sus huestes para ocupar la conservadora ciudad capital significó el inicio del gobierno liberal.

Carlos Freile fue un alfarista quiteño de la primera hora. Alfaro confió a él el cargo de alcalde de Quito, que Freile desempeñó entre el 13 de septiembre y el 20 de diciembre de 1895; dejó ese cargo para ocupar la Gobernación de Pichincha. Al año siguiente, Alfaro lo nombró su ministro de Educación. Desde 1899 y hasta el final de la primera presidencia de Alfaro, lo acompañó como su vicepresidente. Eloy Alfaro y Carlos Freile fueron el binomio con el que la República del Ecuador entró al siglo XX. Fue la cumbre de Freile como alfarista.

La segunda presidencia constitucional de Eloy Alfaro no concluyó el 31 de agosto de 1911 como debía, porque Alfaro sufrió un golpe de Estado el 11 de agosto de 1911, orquestado por los recursos de la burguesía mercantil y puesto en práctica por las armas de un ejército venal, que el día anterior al golpe le había jurado fidelidad a Alfaro.

Los veinte días que restaban del gobierno de Alfaro los condujo su antiguo coideario Carlos Freile, pues la Constitución de 1906 había eliminado la figura del vicepresidente de la República y dispuso que el reemplazo de un presidente cesado debía ser el último presidente de la Cámara del Senado. Y ese hombre, justamente, era Freile. Él ahora estaba situado en la orilla opuesta a la de su antiguo binomio y andaba propenso a deshacerse de él.

Cumplidos los veinte días de gobierno de Carlos Freile, lo sucedió el presidente que había sido elegido en las urnas a inicios del año 1911, Emilio Estrada. Posesionado Estrada el 1 de septiembre, para fines del año 1911 ya había muerto. Lo mató un infarto fulminante el 21 de diciembre.

Por la vigencia de la Constitución de 1906 y por las mismas razones que en agosto de 1911, Freile se encargó de la administración de la Función Ejecutiva desde el 22 de diciembre. En su breve gobierno, que concluyó el 6 de marzo del año siguiente, ocurrió el hecho más atroz de la política ecuatoriana: la hoguera bárbara.

Freile, el antiguo aliado, el alfarista de la primera hora, apenas iniciado su gobierno desterró a Alfaro a Panamá. Pero Alfaro regresó el 4 de enero de 1912 para buscar la repetición de la historia de 1895 y 1906: entrar en Quito y gobernar la República. Y ocurrió que esta ocasión su intento de golpe de Estado no fue efectivo. Tras graves derrotas en Huigra, Naranjito y Yaguachi, el alfarista se convirtió en el bando perdedor de la guerra civil de enero de 1912.

El número de muertos en esta guerra civil ascendió a alrededor de 3.000. Y esta vez ya no iba a bastar con el destierro del líder.

Freile, el antiguo aliado, el alfarista de la primera hora, permitió entonces que ocurra la barbarie. Se dice que fue frente a la casa particular de Freile que uno del pueblo cortó los genitales a los despojos de Eloy Alfaro, les prendió fuego y los lanzó por los aires “para diversión de los muchachos presentes”.

Del ejercicio de la vicepresidencia al troceado de los genitales de Alfaro frente a su residencia. Un asombroso y largo viaje.